蓝藻毒素是由一种叫做蓝藻的光合细菌产生的，对人类和动物都有剧毒。微囊藻毒素，anatoxin-a，蛤蚌毒素，BMAA，和圆柱形精子素是蓝藻毒素的例子，通常出现在新泽西州的水域。急性接触这些毒素会引起皮肤刺激、恶心和腹泻。对人类健康的影响取决于所涉及的特定毒素：微囊藻毒素和柱精子素抑制正常肝功能，而anatoxin-a可损害神经系统。已经制定了饮用水和娱乐用水的健康咨询，以尽量减少接触微囊藻毒素、安纳托毒素-a、蛤蚌毒素和柱精子素。
在NJCWST，我们通过了新泽西州环境保护部门的认证，可以准确测定地表水中总微囊藻毒素的水平（USEPA方法546）。EPA方法546采用酶联免疫吸附测定（ELISA）来量化Adda氨基酸侧链，这是一系列微囊藻毒素变体常见的化学结构。ELISA方法已经建立并广泛应用于饮用水和地表水中蓝藻毒素的定量。我们还提供酶联免疫吸附测定法（ELISA），定量检测anatoxin-a， saxitoxins， BMAA和柱精子蛋白酶。每种蓝藻毒素可能由具有广泛化学结构的变体组成。ELISA定量的是一组具有共同化学结构的变异，液相色谱-质谱/质谱（LC-MS/MS）能够定量较低浓度下的氰毒素的特定化学变异（USEPA方法544和545）。
监测有害蓝藻华的另一种方法是使用实时聚合酶链反应（qPCR）量化蓝藻和产蓝藻毒素的蓝藻。与使用ELISA进行人工显微细胞计数或蓝藻毒素定量相比，这种遗传分析提高了检测的灵敏度。遗传方法可以作为一种筛选工具，以减少需要细胞计数，从而加快有害蓝藻华的确认过程。在NJCWST，我们提供定量的蓝藻细菌和优势分类群，以及蓝藻毒素产生的标记（微囊藻毒素，anatoxin-a，柱体精子蛋白酶，和蛤蚌毒素）的qPCR。